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Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.3 KB  |  50 lines
  1. *************************************************************
  2. * Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature *
  3. *************************************************************
  4.  
  5. Gram-positive, thermophilic  anaerobes  such  as  Clostridium thermocellum  or
  6. Clostridium cellulolyticum secretes a highly active and thermostable cellulase
  7. complex (cellulosome) responsible for the degradation of crystalline cellulose
  8. [1,2]. The cellulosome contains at least  30 polypeptides, the majority of the
  9. enzymes are endoglucanases  (EC 3.2.1.4), but  there  are  also some xylanases
  10. (EC 3.2.1.8), beta-glucosidases (EC 3.2.1.21) and endo-beta-1,3-1,4-glucanases
  11. (EC 3.2.1.73).
  12.  
  13. Complete sequence data for many of these enzymes has been obtained. A majority
  14. of these proteins contain a highly conserved region of about 65 to 70 residues
  15. which is generally (but not always)  located  in  the C-terminus.  This region
  16. contains a  duplicated  segment  of  24  amino acids.   The  function  of this
  17. duplicated segment is not yet known, although it  has  been  suggested that it
  18. could be involved in substrate-binding or in calcium-binding [3].
  19.  
  20. Currently this domain has been found in:
  21.  
  22.  - Endoglucanases A (celA), B (celB), D (celD), E (celE),  F (celF), G (celG),
  23.    H (celH), and X (celX) from Clostridium thermocellum.
  24.  - Endoglucanase A (celCCA) and D (celCCD) from Clostridium cellulolyticum.
  25.  - Endoglucanase B (engB) from Clostridium cellulovorans.
  26.  - Xylanase Z (xynZ) from Clostridium thermocellum.
  27.  - Endo-beta-1,3-1,4 glucanase (licB) from Clostridium thermocellum.
  28.  
  29. The pattern  we  developed  spans the first 21 positions of the 24 amino acids
  30. segment.
  31.  
  32. -Consensus pattern: D-[LIVMFY]-[DN]-x-[DNS]-x(2)-[LIVM]-[DN]-[SA]-x-D-x(3)-
  33.                     [LIVMF]-x-[RKS]-x-[LIVM](2)
  34. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.  In all
  35.  cases that pattern is detected twice.
  36. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  37.  
  38. -Expert(s) to contact by email: Beguin P.
  39.                                 phycel@pasteur.bitnet
  40.  
  41. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  42.  
  43. [ 1] Beguin P.
  44.      Annu. Rev. Microbiol. 44:219-248(1990).
  45. [ 2] Beguin P., Millet J., Aubert J.-P.
  46.      FEMS Microbiol. Lett. 100:523-528(1992).
  47. [ 3] Chauvaux S., Beguin P., Aubert J.-P., Bhat K.M., Gow L.A., Wood T.M.,
  48.      Bairoch A.
  49.      Biochem. J. 265:261-265(1990).
  50.